在高永文心裡，從醫是崇高的事業，「好好治療和保護病人是醫生的天職」。在香港，醫護人員的專業精神有目共睹。但在疫情爆發初期，受一些政治因素影響，一些醫護人員一度採取了所謂的「罷工」行動。高永文接受新華社訪問時說，大敵當前，醫護人員要團結一心抗疫，新冠病毒才是我們最大的敵人。「作為一個醫護人員，底線就是不能犧牲病人利益。」
抗疫期間，高永文利用自己的社會影響力，參與組織一些如「全港社區抗疫連線」的公益團體，為抗疫奔走助力。他一方面為捐贈方和需求方做好聯繫對接，另一方面，他們成立了由13名專業人士組成的團隊，開設抗疫情緒支援熱線，為有需要的市民提供服務。此外，他們還與浸會大學合作，將其捐贈的5000份預防新冠病毒中藥衝劑，派發給高危群體，特別是長者。
「當時的情形歷歷在目。」17年來，高永文從未忘記過「非典」。
2003年3月「非典」疫情在香港暴發，作為醫管局一線指揮官，高永文目睹了疫情的慘烈，香港公共衛生安全體系的薄弱也在疫情中充分暴露。
「這是個很沉痛的教訓，從個體層面到管理層面，我們都明白了一個道理，不管我們自認為醫學有多麼發達，一個簡單的病毒都會帶來非常嚴重的威脅，給人類生命造成很大的損失。」香港開始高度重視公共衛生安全，成立了衛生防護中心，建了傳染病醫院，陸續投放了不少資源建立防護網絡和健全相關機制，以應對公共衛生安全的挑戰。
全球不時爆發各種疫症，作為自由港的香港，每日有來自全世界的人流物流進出，要守住香港公共衛生安全，高永文深知「挑戰特別大」。
2012年，高永文就任香港特區政府食物及衛生局局長，五年任期內，他從未鬆懈過「防疫」這根弦，「我除了去日內瓦參加世衛會議，從不敢飛離亞洲區，出門前都先諮詢旅行社，一旦有突發情況，最快可以搭哪班飛機返港。」他與時任副局長的陳肇始心照不宣地分任AB角，「總要留一個守在香港」。
經過「非典」一役，高永文深刻認識到公共醫療系統的重要性，在醫療資源配置上他有意對此有所傾斜。當年有四塊地可以建私家醫院，他只用了兩塊，其餘的用來建公立醫院，始終警覺「不能讓公立醫院體系萎縮」。
香港的公共防護體系在新冠肺炎疫情應對上發揮了重要作用。目前每天確診病例多是境外輸入，而香港在不封城的情況下，只能依據基本公共衛生原則處理，其中檢測、隔離、接觸追蹤是最重要的三步，並且要相互配合，方能見效。
「香港在每一步都有布局。」高永文認為，隨著控制人流、減少聚集等一系列措施到位，他判斷疫情應該「基本可控」。
